Na segunda série do anime Naruto passa por um treinamento pessado com seu novo mestre Jiraya, Sakura com sua mestra Tisunade e Sasuke como traidor sendo treinado por Orochimaru. Naruto continua com o mesmo sonho de se tornar um Hokage da Vila Oculta da Folha (Konoha), e também continua tentando resgatar Sasuke das Garras de Orochimaru, mas Sasuke acaba matando seu mestre e criando um novo grupo criminoso aliado da Organização Akatsuke, que são ladrões renagados de suas vilas.No meio da História Sasuke é procurado vivo ou morto por várias vilas. 

 Os personagens com mais destaque são: 

Naruto

Sasuke

Sakura

Sai

Kakashi

Yamato

Madara

Itachi

Killer bee

Danzo

Gaara

e outros.